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有机物在膜表面上的吸附会引起膜通量的损失，特别严重的情况下会出现不可逆的通量损失。当高 分子量的有机物是憎水性的或带正电荷时，这种吸附过程更易进行；当pH>9 时，膜表面及有机物 均呈负电荷，因而，高pH 值将有利于防止有机物污染。但以乳化态出现的有机物会在膜表面形成有机污染薄层，引发严重的膜性能衰减，必须在预处理部分除去。 在天然水体中存在的有机物主要为腐植酸类物质，其以TOC 含量计通常在0.5 至20mg/L，当TOC 超 过3mg/L 时，预处理部分应作专门的脱除有机物的考虑，腐植酸物质可以采用含氢氧根类絮凝剂的絮凝过程、超滤或活性炭吸附等方法除去，请参阅关于预防胶体和颗粒类污堵方面的信息。 当进入RO/NF 的进水中油(碳氢化合物或硅基类)和油脂含量超过0.1mg/L 时，必须采用絮凝或活性 炭过滤。这些有机物质会随时吸附到膜表面上，然而，如果由此引起的通量值下降不超过15%时，它们能被碱性的清洗剂清洗掉。 在废水处理应用中，脱除和浓缩有机物是主要目标，有机物含量即使在百分数范围内仍可以进行处 理，这要取决于有机物的种类，而且需要针对每一个具体的对象进行现场试验。请参阅估计有机物和其它化合物脱除特性的单独资讯。